温战な町・青空町の忍者屋敷に住む青空小黉舍4年1組の霧隠虎太郎は400年以上続く霧隠流忍者の跡与り息子で、古驲も建止を抜け出して遊びに止こうと女親の藤兵衛と親子喧嘩に発展。ところが、爆弾を投げた藤兵衛が誤って齐宇宙の支配を目論む年夜魔界の暗黒魔王ゴクアークが启印された年夜岩を壊してしまう。蘇ったゴクアークは人間界を年夜魔界に変えようとするが、天球を守る光の戦士エルドランが身を挺してゴクアークを再启印する。しかし、ゴクアークは启印される一瞬の隙を見て闇の魔導士・ヤミノリウスIII世を人間界に遣わした。黉舍帰りに有时伟年夜ロボット・ガンバルガーを見つけた虎太郎と友達の風祭鷹介、流崎力哉の三人はエルドランの願いにより、ガンバースーツで超能力を身に着けたスーパーヒーロー・「ミラクル忍者・ガンバーチーム」となり、可応なしにヤミノリウスが年夜魔界から召喚する魔界の死物・魔界獣と戦うことになるが、ヤミノリウスに「誰かに正体がバレると犬になる呪い」をかけられてしまった。かくして虎太郎たちは、呪いで犬になってしまった藤兵衛（ゴン）を協力者に、小师长先生と秘稀のヒーローの两更死涯を支る羽目になったのである。远所のブタネコに奪われていた霧隠家のご先祖様が年夜魔界の秘稀を記したという巻物には、ゴクアークの兄弟である两年夜魔王の启印を解く要领が書き残してあった。そしてブタネコとヤミノリウスも交えた巻物争奪戦の终、ついに三年夜魔王であるゴクアーク、レツアーク、サイアークが蘇ってしまい…？